거리를 다 태울 정도의 대재해 속, 모두를 잃은 에미야 시로는 마술사를 자칭하는 인물에게 거두어진다.
그리고 10년, 양부의 꿈을 이어 "정의의 사자"가 되기 위해 에미야 시로는 날마다 마술의 단련을 계속하고 있었으나 재능이 부족하여 몸에 익힌 마술은 하나 뿐이었다.
그러던 어느 날, 시로는 사소한 계기로 성배전쟁으로 불리는 마술사끼리의 싸움에 말려 들어 우연히 서번트의 한 명인 세이버와 계약해 버린다.
자기 뜻으로 마스터가 된 건 아닌 시로, 그러나 10년 전의 대재해가 성배전쟁으로 인한 것임을 알고 그 참극을 반복하지 않기 위해 싸움에 몸을 던지게 된다.

성배전쟁이란──

손에 넣은 사람의 소원을 실현한다고 하는 성배.
그 성배를 얻기 위해서는, 성배로 선택된 7명의 마술사(마스터) 각자가 7기의 사역마(서번트)와 계약해,
다른 마스터를 모두 소거해 스스로가 성배를 얻을 만한 인물이라는 것을 증명해야 한다.